Magixissa on kolme koulua; Alfean keijukoulu, Pilvitornin noitakoulu ja Punalähteen soturikoulu. Ne kaikki sijaitsevat Magixissa.
Alfea
Alfea on koulu teini-ikäisille keijuille, jossa keijut opettelevat hallitsemaan taikavoimiaan. Maagisten aurojen ja muodonmuutoksen lisäksi koulussa opetetaan myös hyviä tapoja.
Koulun johtajatar on Faragonda, joka taisteli Griffinin , Saladinin ja Bloomin vanhempien kanssa Valon komppaniana Muinaisia noitia vastaan. Faragonda on rauhallinen ja mukava, mutta jos oppilaat rikkovat sääntöjä, hän antaa kunnon rangaistuksen, esim. kerran 1. kaudella hän vei Winxien taikavoimat hetkeksi. Faragonda on usein salaperäinen ja kertoo asiat pikkuhiljaa silloin, kun uskoo oppilaan olevan valmis kuulemaan sen.
Apulaisrehtori ja tarkastaja on tiukka ja äreä Griselda. Griseldalle kuri on kaiken a ja o. Griselda on aina vahtimassa, noudattavatko oppilaat sääntöjä ja antaa ymmärtää, että hän nauttii rangaistuksien antamisesta. Griseldalla on ruskeat hiukset ja ruskeat silmät. Hänellä on aina silmälasit, sekä sinivalkoinen puku.
Professori Wizgiz opettaa metamorfosymbioosia eli muodonmuutoksia. Hän on erittäin lyhyt ja hänellä on hieman käheä ääni. Hän muistuttaa jonkinlaista peikkoa. Hänellä on keltavihreät vaatteet sekä iso vihreä hattu.
Professori Palladium opettaa taikajuomien valmistusta. Hän on ystävällinen ja rauhallinen. Oppilaat kiusaavat häntä usein, eikä hän osaa pitää kuria. Hänen hiuksensa ovat pitkät ja pähkinänruskeat. Hänellä on usein valkoiset jousut, ruskeat saappaat, vaaleanvihreä hihaton paita ja sen alla valkoinen pitkähihainen paita.
Professori Avalon tulee 2. kaudella. Hän on monien tyttöjen suosikki. lopulta selviää, että Alfeaan olikin lähetetty Darkarin vakooja, vale-Avalon. Oikea Avalon oli Darkarin linnassa vankina. Avalon onnistui kuitenkin pakenemaan. Avalonilla on pitkät tummanharmaat hiukset takana letillä.
Du Four on opetaja, joka on mukana 1. kauden alussa, mutta katoaa sitten. Myöhemmin hän tulee välillä vastaa kadulla ja on myös säestämässä Musan äitiä Musan muistoissa. Du Fourilla on pitkät harmaat hiukset, silmälasit, punainen hattu ja punainen mekko. Hänestä ei tiedetä paljoa.
Neiti Barbatea on Alfean kirjastonhoitaja. Hän ei kestä epäjärjestystä tai pölyä. Hänellä on liila tukka, isot silmälasit ja sininen puku.
Alfean terveydenhoitaja on nimeltään Ofelia. Aina ennen kokeita hänen vastaanottonsa on täynnä oppilaita. Hänen ruskeat hiuksensa ovat nutturalla ja jän käyttää silmälaseja sekä valkoista pukua.
Pilvitorni
Pilvitorni on koulu noidille. Siellä he opettelevat hallitsemaan pimeitä voimiaan ja levittämään harmia kaikkialle universumiin. Pilvitornirakennus on Muinaisten noitien luomus ja se on oikeasti elävä olento. Se on täynnä salakäytäviä. Sen katoopaikalla elää lauma pilerinpyörittäjiä, ällöttäviä roskaa syöviä otuksia.
Pilvitornin johtajatar on Griffin. Nuorempana hän oli Valtorin liittolainen, kunnes löysi Alfean ja liittyi Valon komppanjaan. Hänen tummanliilat hiuksensa ovat "tötteröllä". Hänellä on viininpunainen pitkä mekko.
Griffinin lisäksi Pilvitornissa on kaksi muutakin opettaa, siskokset Zaratustra ja Ediltrude.
Zaratustra
Ediltrude
Punalähde
Punalähde on koulu soturipojille, spesialisteille. Siellä he opettelevat uusia taistalutaitoja ja lohikäärmeillä ratsastamista.
Koulun rehtori on professori Saladin. Hän oli myös yksi Valon komppanjan jäsenistä. Hän on lyhyt. Hänen tukkansa on pitkä ja vaaleanharmaa. Hänellä on aina mukanaan keltainen lohikäärmesauva.
Codatorda (-kauhea, kuten Sky ja Brandon vitsailevat) opettaa lohikäärmeillä ratsastamista. Hänellä on lyhyt tummanruskea tukka ja hän on lihaksikas mies.
